En Indiana Jones 4, el mundialmente famoso arqueólogo está en peligro de perder su trabajo en Marshall College. Cuando se encuentra con el misterioso Mutt en Perú, él acepta ayudarlo a encontrar el legendario cráneo de cristal de Akator. El cráneo está siendo solicitado por el agente soviético mortal Irina Spalko, quien cree que puede ayudar a los soviéticos conquistar el mundo. La trama comienza cuando Jones encuentra una piedra misteriosa y se trata de una raza peligrosa para detenerla.
La historia comienza con un antiguo templo donde el grupo tiene que luchar contra un extraterrestre, que desea recuperar la gloria de la Tierra. El equipo logra alejarse de los guardias de la ciudad, pero pronto se encontraron con un extraterrestre. Los esqueletos antiguos contienen cristales y son reanimados por un alienígena. Los alienígenas ofrecen recompensar al equipo para el descubrimiento, pero matan a Oxley, que se niegan. Los alienígenas utilizan los esqueletos de cristal reanimados para enseñar sus conocimientos a Jones y los demás. Los soviéticos restantes se introducen en el portal y todos son asesinados por los alienígenas. El equipo se escapa, pero los espías y la misteriosa nave espacial volverán a la Tierra.
Este juego es similar a las películas anteriores. El jugador controla a Indy mientras él va a misiones. El jugador ocasionalmente conducirá un automóvil, montará un camello, pilotea un globo, operará un submarino y reparará la maquinaria atlante. La misión final es encontrar el destino de la Atlántida. Afortunadamente, Aventuras de IndYS no se acerca. Ya sea que intente salvar al mundo, o vengar a su hermano, enfrentará una variedad de desafíos diferentes.
