No novo filme, Indiana Jones é um famosa arqueólogo que descobre que seu trabalho em Marshall College está em perigo. Depois que ele escapa da faculdade, ele conhece um homem misterioso chamado Mutt, que quer que ele encontre o lendário crânio de cristal do Akator. O crânio está em perigo porque os soviéticos acreditam que tem poder que os ajudará a conquistar o mundo.
Indy sobrevive à explosão, mas o bombardeio é grande demais e ele é capturado. Ele é então preso pelo FBI e acusado de ser comunista e associado de George Mchale, um macaco notório. Ele posteriormente recupera sua liberdade. Mas o enredo do filme continua. Indy e seus amigos enfrentam a ameaça da arca da aliança e do coronel malvado Dovchenko.
Darabontes Script tinha várias falhas, no entanto. O filme retrata os alienígenas como vilões, e Lucas não aprovou a representação de Darabótas deles como bons caras. O filme termina em um antigo templo onde o crânio de cristal foi encontrado. Indy deve devolver o crânio ao esqueleto para salvar as pessoas. Indy tem que salvar o dia salvando a raça humana e o planeta.
O filme abre com um confronto entre Indy e seu novo Sidekick, Spalko. Quando ele conhece o Oxley, ele está sendo perseguido por dois agentes da KGB. Mais tarde, ele e seu novo Sidekick escapam de uma perseguição do campus. Os carros russos acidam em uma estátua de Marcus Brody. Indy deve tomar uma decisão sobre o destino da raça humana. Esta é a história dos eventos que se desdobram na segunda metade do filme.
